Étude d'association entre certains gènes candidats et l'asthme dans une cohorte familiale originaire du Saguenay-Lac-Saint-Jean: Réflexion sur l'analyse d'interaction gène-gène

Selon le Global burden of asthma (2004), l'asthme est une maladie inflammatoire chronique des voies respiratoires des plus fréquentes qui affecte environ 300 millions de personnes dans le monde. Cette maladie touche les individus de tous âges et de toutes conditions, bien que de proportion plus élevée chez les enfants. L'asthme est aujourd'hui considéré, dans l'ensemble de la littérature, comme un trait complexe qui apparaît probablement suite à l'influence de facteurs environnementaux chez des individus génétiquement prédisposés. En raison de la grande hétérogénéité phénotypique et génétique observée dans l'asthme, aucun gène de susceptibilité «majeur» à l'asthme n'est reconnu à ce jour. Les objectifs de cette étude sont donc de mettre en évidence des gènes associés à cette affection ainsi que les interactions gène-gène possibles entre eux, en employant l'approche par gènes candidats. La méthodologie repose sur l'emploi d'une population dite à «effet fondateur» (cohorte originaire du Saguenay-Lac-Saint-Jean) dans le génotypage de ces gènes ainsi que d'une démarche statistique originale basée sur la création de pseudotémoins à partir des trios familiaux de la cohorte dans l'analyse des interactions (effectuée à l'aide du test de déséquilibre de transmission version haplotype, du odd ratio et de l'analyse de régression). Des cinq gènes candidats testés, seulement PPARG a montré une association significative avec l'asthme ( p = 0,016) et suggestive avec l'atopie (p = 0,042). Concernant les analyses d'interaction, les trois approches statistiques ont permis d'identifier des interactions potentielles entre les gènes PPARG et IL13 ou IL4RA et entre les gènes IL4RA et IL4 ou IL1B dans l'asthme, ce qui suggère l'emploi de ce type d'analyse dans la recherche de déterminants génétiques pour l'asthme.

Alternate abstract:

According to the Global Burden of Asthma (2004), asthma is one of the most common chronic inflammatory diseases of the airways, affecting approximately 300 million people worldwide. This disease affects individuals of all ages and all conditions, although in a higher proportion in children. Asthma is now considered, throughout the literature, as a complex trait that probably appears as a result of the influence of environmental factors in genetically predisposed individuals. Due to the great phenotypic and genetic heterogeneity observed in asthma, no “major” asthma susceptibility gene is recognized to date. The objectives of this study are therefore to highlight the genes associated with this condition as well as the possible gene-gene interactions between them, using the candidate gene approach. The methodology is based on the use of a so-called "founder effect" population (cohort originating from Saguenay-Lac-Saint-Jean) in the genotyping of these genes as well as an original statistical approach based on the creation of pseudo-controls to from the family trios of the cohort in the interaction analysis (performed using the haplotype version transmission disequilibrium test, odd ratio and regression analysis). Of the five candidate genes tested, only PPARG showed a significant association with asthma (p=0.016) and suggestively with atopy (p=0.042). Concerning the interaction analyses, the three statistical approaches made it possible to identify potential interactions between the PPARG genes and IL13 or IL4RA and between the IL4RA and IL4 or IL1B genes in asthma, which suggests the use of this type analysis in the search for genetic determinants of asthma.