Abstract/Details

Relations intra et interspecifiques chez Mycosphaerella populorum (anamorphe Septoria musiva) agent pathogene des peupliers

Feau, Nicolas.   Universite Laval (Canada) ProQuest Dissertations Publishing,  2005. NR09673.

Abstract (summary)

To understand the evolutionary potential of Mycosphaerella populorum (anamorph Septoria musiva), a fungal pathogen of poplars, we have investigated its genetic variability using neutral molecular markers. An appropriate sampling of the S. musiva populations was first required to examine the relationships of this fungus with the related poplar pathogens S. populicola and S. populi. Firstly, a polymerase chain reaction (PCR) assay was developed for an accurate identification of the three fungi based on interspecific polymorphisms in the internal transcribed spacer (ITS) of nuclear ribosomal RNA gene (rDNA) repeats. The specificity of the three primer pairs developed was successfully tested on a large fungal collection, providing evidence that the procedure can be applied for an accurate identification of the targeted Septoria species. Secondly, in order to improve our understanding of phylogenetic relationships among S. musiva, S. populicola and S. populi and within the Mycosphaerella fungal genera, three molecular data sets of nuclear and mitochondrial genes were evaluated. Separate gene analyses, congruence tests among data partitions and combined analyses were performed using maximum parsimony and bayesian frameworks. Specifically, the results pointed out the occurrence of distinct but closely related species sampled on identical host species or from identical botanical families. This tendency was particularly illustrated within the monophyletic clade which includes poplar pathogenic Septoria species. Based on morphological traits and previously defined molecular characteristics of S. musiva , we then sampled seven North American populations of this fungus to characterize their genetic variation using 21 polymorphic markers revealed with the PCR-RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) technique. A high and significant correlation between genetic and geographic distances among populations was found; it was mirrored (1) by no significant differentiation between the subpopulations sampled on Populus deltoides and on hybrid trees and (2) by a moderate to high genetic differentiation between intra- and inter-regional populations. Moreover, due to these differentiation levels, the high haplotypic diversity, and the gametic equilibrium observed at the RAPID loci sampled, S. musiva appears to be differentiated into sub-populations in which both asexual and sexual recombination contribute to the local level of genetic structure.

Alternate abstract:

You are viewing a machine translation of selected content from our databases. This functionality is provided solely for your convenience and is in no way intended to replace human translation. Show full disclaimer

Pour comprendre le potentiel évolutif de Mycosphaerella populorum (anamorph Septoria musiva), un champignon pathogène des peupliers, nous avons étudié sa variabilité génétique à l'aide de marqueurs moléculaires neutres. Un échantillonnage approprié des populations de S. musiva était d'abord nécessaire pour examiner les relations de ce champignon avec les pathogènes apparentés du peuplier, S. populicola et S. populi. Premièrement, un test de réaction en chaîne par polymérase (PCR) a été développé pour une identification précise des trois champignons sur la base de polymorphismes interspécifiques dans l'espaceur transcrit interne (ITS) des répétitions du gène de l'ARN ribosomal nucléaire (ADNr). La spécificité des trois paires d'amorces développées a été testée avec succès sur une vaste collection de champignons, prouvant que la procédure peut être appliquée pour une identification précise de l'espèce Septoria ciblée. Deuxièmement, afin d'améliorer notre compréhension des relations phylogénétiques entre S. musiva, S. populicola et S. populi et au sein des genres fongiques Mycosphaerella, trois ensembles de données moléculaires de gènes nucléaires et mitochondriaux ont été évalués. Des analyses génétiques séparées, des tests de congruence entre les partitions de données et des analyses combinées ont été effectués en utilisant une parcimonie maximale et des cadres bayésiens. Plus précisément, les résultats ont mis en évidence la présence d’espèces distinctes mais étroitement apparentées, échantillonnées sur des espèces hôtes identiques ou issues de familles botaniques identiques. Cette tendance a été particulièrement illustrée au sein du clade monophylétique qui comprend les espèces Septoria pathogènes du peuplier. Sur la base de traits morphologiques et de caractéristiques moléculaires préalablement définies de S. musiva, nous avons ensuite échantillonné sept populations nord-américaines de ce champignon pour caractériser leur variation génétique à l'aide de 21 marqueurs polymorphes révélés avec la technique PCR-RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). Une corrélation élevée et significative entre les distances génétiques et géographiques entre les populations a été trouvée ; cela se reflétait (1) par une absence de différenciation significative entre les sous-populations échantillonnées sur Populus deltoides et sur des arbres hybrides et (2) par une différenciation génétique modérée à élevée entre les populations intra et interrégionales. De plus, en raison de ces niveaux de différenciation, de la grande diversité haplotypique et de l'équilibre gamétique observé au niveau des locus RAPID échantillonnés, S. musiva semble être différenciée en sous-populations dans lesquelles les recombinaisons asexuées et sexuelles contribuent au niveau local de la structure génétique.

Indexing (details)


Subject
Plant pathology
Classification
0480: Plant Pathology
Identifier / keyword
Biological sciences; French and English text; Mycosphaerella populorum; Septoria musiva
Title
Relations intra et interspecifiques chez Mycosphaerella populorum (anamorphe Septoria musiva) agent pathogene des peupliers
Alternate title
Intra- and Interspecific Relationships Among Mycosphaerella Populations (Anamorph Septoria musiva) Pathogen of Poplars
Author
Feau, Nicolas
Number of pages
157
Publication year
2005
Degree date
2005
School code
0726
Source
DAI-B 66/11, Dissertation Abstracts International
Place of publication
Ann Arbor
Country of publication
United States
ISBN
978-0-494-09673-4
University/institution
Universite Laval (Canada)
University location
Canada -- Quebec, CA
Degree
Ph.D.
Source type
Dissertation or Thesis
Language
English, French
Document type
Dissertation/Thesis
Dissertation/thesis number
NR09673
ProQuest document ID
305365270
Copyright
Database copyright ProQuest LLC; ProQuest does not claim copyright in the individual underlying works.
Document URL
https://www.proquest.com/docview/305365270/fulltextPDF