Adli Önemi Olan Diptera Türlerinin MTDNA COI Gen Analizi ile Genetik Teşhisi

Abstract

Adli entomoloji, eklem bacaklıların incelenmesiyle suçun açığa çıkarılmasını sağlayan disiplinler arası bir bilim dalıdır. Ölümden sonra geçen süre kısaysa geleneksel adli tıp yöntemleri ile ölüm zamanı doğru bir şekilde hesaplanmakla birlikte ölüm üzerinden geçen süre uzadıkça geleneksel adli tıp yöntemleri yetersiz kalabilir. Bu durumda ceset üzerindeki böceklerin incelemesi ile kesin ölüm zamanın belirlenmesi elverişli bir yöntem olarak karşımıza çıkar. Adli entomolojinin adli olaylarda etkili bir şekilde uygulanması tür teşhisinin doğru yapılmasına bağlıdır. Laboratuvara gelen böceğin morfolojik teşhisinin yapılması tüm dünyada uygulanan bir yöntemdir Böceğin karakteristik morfolojik özellikleri kullanıldığı için örneklerin toplanması ya da nakli sırasında fiziksel hasar gördüğü durumlarda türünü yanlış teşhis etmek ya da hiç edememek bu yöntemi sınırlayan unsurlardan biridir. Yanlış yapılan tür teşhisi, ölüm zamanının da yanlış hesaplanmasına neden olur. Günümüzde adli entomoloji çalışmalarında hızlı ve doğru tür teşhisi için COI gen bölgesinin kullanımı araştırmacılar arasında yaygınlaşmaya başlamıştır.

Bu tezin amacı; Türkiye'de adli önemi olan Diptera takımına ait 12 türün mtDNA sitokrom c oksidaz alt ünite I gen bölgesi hedeflenerek genetik teşhisleri ile morfolojik tanımlamaları kesinleştirmek ve bu teşhisleri yapmamızı sağlayan GenBank ve BOLD veri tabanlarının teşhis oranlarını karşılaştırmaktır. Sonuç olarak 12 tür den oluşan 35 örneğin dizi analizi ile tür teşhisleri yapıldı. GenBank ve BOLD veri tabanları arasındaki karşılaştırmada GenBank'ın daha fazla türü teşhis ettiği belirlendi. Maliyeti düşürmek amacıyla fenol-kloroform-izoamil alkol DNA izolasyonu metodu uygulandı. MEGAX yazılımı kullanılarak hem hesaplamalarda hata oranı minimuma indirildi hem de zaman tasarrufu sağlandı.

Alternate abstract:

Forensic entomology is an interdisciplinary science which helps solving the crime by examining the Arthropoda. If the time elapsed after death is short, time of death can be calculated accurately using conventional forensic methods, but conventional forensic methods might be inadequate as the time elapsed after death is extended. In that case, estimation of the exact time of death by examining the insects on the body is a convenient method. Implementation of forensic entomology in forensic cases effectively depends on accurate identification of the species. Morphological identification of the insect that transfers to the laboratory is a method implemented throughout the world. As characteristic morphological features of the insect are used, misidentification of the species or inability to identify the species in the cases where it is damaged physically during collection or transportation of samples is one of the factors that limit this method. Inaccurate identification of the species causes that time of death is calculated wrong as well. Today, using the COI gene region for quick and accurate identification of species in forensic entomology studies is becoming popular among researchers.

The aim of this thesis is to confirm genetic identifications and morphological definitions of 12 species in Diptera order that have forensic importance in Turkey by targeting their mtDNA Cytochrome c oxidase subunit I gene region and compare the identification rates of GenBank and BOLD databases which enable us to make those identifications. As a conclusion, species identifications of 35 samples of 12 species were made by sequence analysis. In the comparison between GenBank and BOLD databases, it was determined that GenBank identified more species. To reduce costs, the phenol-chloroform-isoamyl alcohol DNA isolation method was cared out. Both error rate is minimized in calculations and time is saved by using MEGAX software.