La Transhumance Bovine en Afrique de L'ouest : Les Risques Liés à la Dispersion des Tiques et des Agents Pathogènes Associés et L'évaluation de Leurs Implications Zoonotiques

Abstract

En Afrique de l’ouest, l’élevage occupe une place importante dans l’économie des pays et dans le quotidien des populations. Le système d’élevage est généralement de type extensif, à faible intrants et basé sur une exploitation des ressources naturelles librement accessibles. De ce fait, la transhumance transfrontalière s’est imposée aux éleveurs comme une véritable stratégie de production animale, provoquant le brassage des troupeaux dans des pâturages et autours des points d’eau d’abreuvement communs. Ces regroupements favorisent de potentiels échanges d’ectoparasites tels que les tiques, vectrices de nombreux agents pathogènes qui induisent de nombreuses infections (babésiose, théilériose, anaplasmose, cowdriose), constituant une contrainte majeure à l’essor de l’élevage. Au Burkina Faso (BF) et au Bénin (BN), ces échanges d’animaux sont particulièrement intenses respectivement aux frontières Est et Nord, qui demeurent des localités très peu explorées en dépit du contexte d’invasion des deux pays par la tique Rhipicephalus microplus. Cette thèse a pour objectif d’analyser l’infestation du bétail par les tiques, à travers l’identification des différentes espèces, la caractérisation moléculaire des agents pathogènes transmis ainsi que l’évaluation de leurs implications zoonotiques dans les zones frontalières à ces deux pays. Quatre études ont été réalisées : (i) une enquête transversale pour étudier l’épidémiologie des tiques et des agents pathogènes associés chez les bovins, afin de caractériser (tiques et hémoparasites), la région de l'est du BF, zone de départ de la transhumance, et le nord du BN, zone d'arrivée, (ii) une enquête longitudinale, visant à évaluer les états parasitologiques (tiques et hémoparasites) d’un échantillon de bovins sur une saison de transhumance, (iii) une recherche de potentiels arbovirus circulant à l’est du BF (iv) une détermination du statut de résistance de deux espèces de tiques d’intérêt vétérinaire, aux acaricides commerciaux, les plus couramment utilisées par les éleveurs du sud-ouest du BF. Des tiques et du sang périphérique de bovins ont été collectés. Les tiques ont été morphologiquement identifiées à la loupe binoculaire. Les extraits d’ADN provenant aussi bien du sang des bovins que des broyats (pools) de tiques, ont été analysés par la technique du Reverse Line Blot Hybridization (RLB), suivi de séquençage (méthode de Sanger), pour la détection moléculaire des agents pathogènes. La caractérisation des virus hébergés par les tiques a été effectuée par le Next Generation Sequencing (Ion Torrent). Le statut de résistance de Amblyomma variegatum et de R. microplus aux pyréthrinoïdes de synthèse (deltaméthrine et cypermethrine) a été déterminée par le Larval Packet Test (LPT). Au cours de l’étude transversale, un total de 2856 tiques (huit espèces) a été collecté sur 490 bovins (46 troupeaux) à l’est du BF, tandis que 3583 tiques (neuf espèces) ont été collectées sur 456 bovins (44 troupeaux) au nord du BN. La tique A. variegatum était l’espèce la plus abondante et la plus largement répandue dans les deux zones avec une abondance relative de 49,2% à l’est du BF, et 31% au nord BN. La tique R. microplus, n'a pas été identifiée dans les échantillons collectés à l'est du BF, mais son expansion dans d’autres localités du nord BN, par rapport aux travaux antérieurs, a été mise en évidence.

Alternate abstract:

In West Africa, livestock production represents an important part of the country's economy and the daily life of the population. The livestock production system is generally extensive, with low inputs, and based on the freely accessible natural resources exploitation. As a result, cross-border transhumance has become a real animal production strategy, leading to the mixing of herds in common pastures and around common watering points. Such situation favors potential exchanges of exoparasites such as ticks, vectors of numerous pathogens inducing infections (babesiosis, theileriosis, anaplasmosis, cowdriosis), constituting a major constraint to the livestock industry's development. In Burkina Faso (BF) and Benin (BN), these animal exchanges are particularly important at the eastern and northern borders respectively, which remain poorly explored localities despite the context of invasion of the two countries by Rhipicephalus microplus. The aim of this thesis is to analyze tick infestation in livestock, through the identification of the different species, the molecular characterization of transmitted pathogens and the evaluation of their zoonotic implications in the border areas of these two countries. Four studies were carried out : (i) a cross-sectional survey to study the epidemiology of ticks and associated pathogens in cattle, in order to characterize (ticks and hémoparasites) the eastern region of BF, the departure zone of transhumance, and the northern part of BN, the arrival zone, (ii) a longitudinal survey to evaluate the parasitological status (ticks and hemoparasites) of a sample of cattle over a transhumance season, (iii) a research of arboviruses circulating in eastern BF, (iv) a determination of the resistance status of two tick species (of veterinary interest) to commercial acaricide compounds, most commonly used by farmers in southwestern BF. Ticks and peripheral bovine blood were collected. Ticks were morphologically identified using a binocular magnifying glass. DNA extracts from both cattle blood and tick pools were analyzed by Reverse Line Blot Hybridization (RLB) process, followed by sequencing (Sanger method) for molecular detection of pathogens. Tick-borne viruses (arbovirus) characterization was performed by Next Generation Sequencing (Ion Torrent). Amblyomma variegatum and Rhipicephalus microplus resistance status to synthetic pyrethroids (deltamethrin and cypermethrin) was determined by Larval Packet Test (LPT). In the cross-sectional study, a total of 2,856 ticks (eight species) were collected from 490 cattle (46 herds) in eastern BF, while 3,583 ticks (nine species) were collected from 456 cattle (44 herds) in northern BN. Amblyomma variegatum was the most abundant and widely distributed tick species in both areas with a relative abundance of 49.2% in eastern BF, and 31% in northern BN. The R. microplus tick was not identified in the samples collected in eastern BF, but its expansion in others northern areas in BN was evidenced. Six tick-borne pathogens species were detected in cattle blood in both eastern BF and northern BN. The most prevalent were T. mutans (91.1%) and T. velifera (77.8%). Theileria annulata and T. veliferawere detected for the first time in the study area. A total of 210 cattle were followed during the longitudinal study.