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El objetivo de este artículo es analizar las bases biológicas que concurren en dos especiales problemas patológicos que pueden perturbar la salud física y psicológica de las personas con síndrome de Down: la disfunción inmunitaria y el trastorno de regresión. La primera es causa de la mayor frecuencia y/o gravedad de infecciones, especialmente las respiratorias, y de la relativamente frecuente aparición de enfermedades autoinmunes. El segundo, de reciente identificación, muestra aspectos relacionados con la neuroinflamación crónica y la presencia de agentes estresores de diverso origen que inciden sobre un terreno particularmente vulnerable. Se analizan los factores etiológicos de estas dos condiciones patológicas, que pueden derivar de la triple representación génica del cromosoma 21.