ATF3 geno variantų reikšmė pacientėms, sergančioms gimdos kaklelio vėžiu

Abstract

Tyrimo tikslas.

Įvertinti ATF3 geno variantų reikšmę pacientėms, sergančioms gimdos kaklelio vėžiu.

Uždaviniai.

(1) Nustatyti ATF3 geno variantų (rs3125289, rs1877474, rs11119982) genotipų ir alelių pasiskirstymą pacienčių, sergančių gimdos kaklelio vėžiu, grupėje. (2) Įvertinti rs3125289, rs1877474 ir rs11119982 sąsajas su naviko klinikinėmis ir morfologinėmis savybėmis. (3) Nustatyti tiriamų genetinių variantų ryšį su ligos eiga.

Tyrimo dalyviai.

Iš viso tyrime dalyvavo 170 pacienčių, sergančių gimdos kaklelio vėžiu. Tyrimui naudoti iš periferinio pacienčių kraujo išskirti DNR mėginiai, kurie buvo kaupiami ir iki dabar yra saugomi LSMU MA MF Onkologijos instituto biobanke.

Metodai.

Tyrimo metu analizuoti ATF3 geno rs3125289, rs1877474, rs11119982 variantai ir jų sąsaja su gimdos kaklelio vėžio klinikinėmis ir morfologinėmis savybėmis bei ligos eiga. Genotipavimas atliktas naudojant tikro laiko polimerazės grandininės reakcijos (TL-PGR) metodą. Statistinės duomenų analizės atlikimui naudotas „IBM SPSS Statistics 30.0.0.0“ programinis paketas.

Tyrimo rezultatai.

ATF3 rs3125289 genotipų pasiskirstymas buvo: CC – 43,5%, CT – 47,1%, TT – 9,4%; alelių: C – 67,1%, T – 32,9%. Rs1877474 genotipų pasiskirstymas buvo: TT – 50,6%, TC – 40,6%, CC – 8,8%; alelių: T – 70,9%, C – 29,1%. Rs11119982 genotipų pasiskirstymas buvo: TT – 25,3%, TC – 52,9%, CC – 21,8%; alelių: T – 51,8%, C – 48,2%.

Tyrimo metu statistiškai reikšmingos sąsajos nustatytos tarp rs3125289 TT genotipo bei T alelio ir didesnės ligos progresavimo rizikos, C alelio ir mažesnės ligos progresavimo bei tolimųjų metastazių rizikos. Rs1877474 TC genotipas ir C alelis statistiškai reikšmingai buvo susiję su mažesne rizika turėti blogai diferencijuotą naviką ir metastazes limfmazgiuose, o CC genotipas buvo dažniau nustatytas tarp pacienčių, neturinčių metastazių sritiniuose limfmazgiuose. Statistiškai reikšmingų sąsajų tarp rs11119982 polimorfizmo ir klinikinių-morfologinių GKV savybių nerasta.

Įvertinus polimorfizmų ryšį su ligos eiga, nustatyta, kad rs3125289 C alelis lėmė 2,5 karto ilgesnį, o T alelis ir TT genotipas trumpesnį, atitinkamai 1,7 ir 3,2 karto, laikotarpį iki progreso. Rs1877474, rs11119982 polimorfizmai laikui iki progreso ar bendram išgyvenamumui įtakos neturėjo.

Išvados.

ATF3 rs3125289 polimorfizmo CT genotipas buvo dažniausias (47,1%), o TT – rečiausias (9,4%), C alelis (67,1%) dominavo prieš T alelį (32,9%); rs1877474 TT genotipas buvo dažniausias (50,6%), o CC – rečiausias (8,8%), T alelis (70,9%) dominavo prieš C alelį (29,1%); rs1877474 TC genotipas buvo dažniausias (52,9%), pasiskirstymas tarp TT (25,3%) ir CC (21,8%) genotipų bei T (51,8%) ir C (48,2%) alelių buvo panašus.

Išanalizavus rs3125289, rs1877474 ir rs11119982 ryšį su naviko klinikinėmis ir morfologinėmis savybėmis nustatyta, kad rs3125289 buvo statistiškai reikšmingai susijęs su ligos progresavimu bei tolimosiomis metastazėmis, o rs1877474 – su naviko diferenciacijos laipsniu ir limfmazgių pažeidimu. Statistiškai reikšmingų sąsajų tarp rs11119982 ir analizuotų savybių nenustatyta.

Įvertinus tiriamų variantų ryšį su ligos eiga, nustatytas statistiškai reikšmingas ryšys tik tarp rs3125289 ir PFS, daugiau sąsajų nenustatyta.

Alternate abstract:

Objectives.

(1) To determine the allele and genotype distribution of ATF3 gene variants (rs3125289, rs1877474, rs11119982) in a group of patients with cervical cancer. (2) To analyze the association of rs3125289, rs1877474, rs11119982 with tumor clinical and morphological characteristics. (3) To determine the association between the studied genetic variants and the course of the disease.

Participants.

The study included 170 patients diagnosed with cervical cancer. DNA samples used in the study were isolated from peripheral blood, collected and stored in the biobank of the Oncology Institute, LUHS, MA, MF.

Methods.

ATF3 gene polymorphisms rs3125289, rs1877474, rs11119982 and their associations with morphological and clinical characteristics of cervical cancer and the course of the disease were analyzed. Real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) was used to identify genotypes and alleles. Statistical data analysis was performed using IBM SPSS Statistics 30.0.0.0 software package.

Results.

The distribution of ATF3 rs3125289 genotypes: CC – 43.5%, CT – 47.1%, TT – 9.4%; allele frequencies: C – 67.1%, T – 32.9%. The distribution of rs1877474 genotypes: TT – 50.6%, TC – 40.6%, CC – 8.8%; allele frequencies: T – 70.9%, C – 29.1%. The distribution of rs11119982 genotypes: TT – 25.3%, TC – 52.9%, CC – 21.8%; allele frequencies: T – 51.8%, C – 48.2%.

Statistically significant associations were found between rs3125289 TT genotype and T allele and increased risk of disease progression; C allele was associated with a lower risk of distant metastases and disease progression. Rs1877474 CT genotype and C allele carriers were less likely to have poorly differentiated tumors and had a lower risk of lymph node metastasis; CC genotype was more frequent in patients without regional lymph node metastasis. No statistically significant associations were found between rs11119982 and clinical or morphological characteristics of cervical cancer.

After evaluating the association between polymorphisms and the course of the disease, it was found that rs3125289 C allele was associated with a 2.5-fold longer time to progression, while the T allele and TT genotype were associated with a shorter time to progression – 1.7-fold and 3.2-fold, respectively. The rs1877474, rs11119982 polymorphisms did not affect progression-free survival or overall survival.

Conclusions.

Most frequent genotype of ATF3 rs3125289 polymorphism was CT (47.1%), least frequent – TT (9.4%), C allele (67.1%) was more frequent than T (32.9%); most frequent genotype of rs1877474 was TT (50.6%), least frequent – CC (8.8%), T allele (70.9%) was more frequent than C (29.1%); the most frequent genotype of rs11119982 was TC (52.9%), genotypes TT (25.3%) and CC (21.8%) and alleles T (51.8%) and C (48.2%) had similar frequencies.

After analyzing the associations between rs3125289, rs1877474, rs11119982 and the clinical and morphological characteristics of the tumor, statistically significant associations were found between rs3125289 and disease progression and distant metastases. Statistically significant associations were also found between rs1877474 and tumor differentiation grade and lymph node involvement. After evaluating the associations between the studied variants and the course of the disease, statistically significant associations were found only between rs3125289 and progression-free survival, and no other associations were found.