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Este estudio analizó las tensiones en torno a la jurisdicción indígena como un mecanismo constitucional para la protección de derechos fundamentales en Ecuador. Desde una perspectiva jurídica crítica, se examinó el potencial de este sistema en contextos interculturales y se identificaron los principales desafíos que enfrentó su implementación. Se realizó un análisis normativo y jurisprudencial, complementado con un enfoque teórico sobre el pluralismo jurídico y una perspectiva comparada con los modelos implementados en Bolivia, Colombia y México. La investigación reveló que, pese al reconocimiento constitucional otorgado por la Constitución de 2008, persistió una brecha significativa entre la normativa formal y su aplicación efectiva. A través del estudio de casos emblemáticos como “La Cocha I” y “La Cocha II”, se evidenció una jurisprudencia oscilante que limitó la autonomía jurisdiccional indígena. Asimismo, se constató que la justicia indígena ofreció ventajas como la accesibilidad cultural, la celeridad procesal y la legitimidad social, aunque también enfrentó dificultades en la coordinación interjurisdiccional y en la interpretación intercultural de los derechos. Se concluyó que la jurisdicción indígena representó un mecanismo con alto potencial para la garantía de derechos fundamentales, cuya efectividad dependió del diálogo intercultural y del fortalecimiento normativo e institucional.