Molecular detection and prevalence of Rotavirus with acute gastroenteritis among the children of rural and urban areas

Abstract

O rotavirus é o principal agente infeccioso da gastroenterite aguda (AGE) em crianças menores de 5 anos e causa de morbidade e mortalidade significativas em todo o mundo. O estudo foi realizado para detectar a taxa de prevalencia, cepa de genotipos e fatores de risco de rotavirus entre as crianças de áreas rurais e urbanas do distrito de Bannu Khyber Pakhtunkhwa, Paquistäo. Um total de 180 amostras de fezes foi coletada de crianças menores de 5 anos de dois grandes hospitais de Bannu de janeiro a dezembro (2015). As amostras foram analisadas por reaçâo em cadeia da polimerase transcriptase reversa (RT-PCR) para detecçao de rotavirus; as amostras positivas foram posteriormente processadas para genotipagem (tipo G e P) através de PCR especifica. Do total, 41 (23%) amostras foram positivas para rotavirus. Os genotipos G mais prevalentes encontrados foram: G3, G8, G9 (cada 29%), seguidos de G10 (15%) e G11 (10%). Considerando que os genotipos P prevalentes foram: P-8 (25%), P-4 e P-10 (cada 20%), P-9 (15%), seguido por P-6 e P-11 (cada 10%). Além disso, a infecçao por rotavirus foi mais prevalente no verao (23,73%) e inverno (22,7%) do que na primavera (20%) e no outono (21,4%). A infecçao por rotavirus apresentou alta frequencia em junho (14%), outubro (8%) e novembro (6%). Conclui-se que o rotavirus é mais prevalente em crianças e vários genotipos (G e P) do rotavirus estäo presentes na área de estudo. A falta de estudos, conhecimento e testes mais raros de rotavirus sao as principais razoes da prevalencia do virus no distrito de Bannu, Paquistäo.

Alternate abstract:

Rotavirus is the main infective agent of acute gastroenteritis (AGE) in children under the age of five years and causing significant morbidity as well as mortality throughout the world. The study was carried out to detect the prevalence rate, genotypes strain and risk factors of Rotavirus among the children of rural and urban areas of district Bannu Khyber Pakhtunkhwa Pakistan. A total of 180 stool samples were collected from children under the age of 5 years from two major hospitals of Bannu from January to December (2015). The samples were analyzed by Reverse-transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) for the detection of Rotavirus, positive samples were further processed for genotyping (G and P type) through specific PCR. Of the total, 41 (23%) samples were positive for Rotavirus. The most prevalent G genotypes found were: G3, G8, G9 (each 29%), followed by G10 (15%), and G11 (10%). Whereas the prevalent P genotypes were: P-8 (25%), P-4 and P-10 (each 20%), P-9 (15%), followed by P-6 and P-11 (each 10%). Moreover, Rotavirus infection was more prevalent in summer (23.73%) and winter (22.7%) than spring (20%) and autumn (21.4%). Rotavirus infection exhibited high frequency in June (14%), October (8%) and November (6%). It is concluded that Rotavirus is more prevalent in children and various genotypes (G and P) of Rotavirus are present in the study area. Lack of studies, awareness and rarer testing of Rotavirus are the principal reasons of virus prevalence in district Bannu, Pakistan.