Abstract

We aimed to explore the relationships between specific viral mutations/mutational patterns and ventilator-associated pneumonia (VAP) occurrence in COVID-19 patients admitted in intensive care units between October 1, 2020, and May 30, 2021. Full-length SARS-CoV-2 genomes were sequenced by means of next-generation sequencing. In this prospective multicentre cohort study, 259 patients were included. 222 patients (47%) had been infected with pre-existing ancestral variants, 116 (45%) with variant α, and 21 (8%) with other variants. 153 patients (59%) developed at least one VAP. There was no significant relationship between VAP occurrence and a specific SARS CoV-2 lineage/sublineage or mutational pattern.

Details

Title
SARS-CoV-2 variants and mutational patterns: relationship with risk of ventilator-associated pneumonia in critically ill COVID-19 patients in the era of dexamethasone
Author
Razazi, Keyvan 1 ; Martins Bexiga, Anissa 2 ; Arrestier, Romain 2 ; Peiffer, Bastien 3 ; Voiriot, Guillaume 4 ; Luyt, Charles-Edouard 5 ; Urbina, Tomas 6 ; Mayaux, Julien 7 ; Pham, Tài 8 ; Roux, Damien 9 ; Bellaiche, Raphael 10 ; AIt Hamou, Zakaria 11 ; Gaudry, Stéphane 12 ; Azoulay, Elie 13 ; Mekontso Dessap, Armand 1 ; Rodriguez, Christophe 14 ; Pawlotsky, Jean-Michel 14 ; Fourati, Slim 14 ; de Prost, Nicolas 1 

 Hôpitaux Universitaires Henri Mondor, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP), Médecine Intensive Réanimation, Créteil Cedex, France (GRID:grid.412116.1) (ISNI:0000 0004 1799 3934); Université Paris-Est-Créteil (UPEC), Groupe de Recherche Clinique CARMAS, Créteil, France (GRID:grid.410511.0) (ISNI:0000 0001 2149 7878); Université Paris-Est-Créteil (UPEC), Créteil, France (GRID:grid.410511.0) (ISNI:0000 0001 2149 7878) 
 Hôpitaux Universitaires Henri Mondor, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP), Médecine Intensive Réanimation, Créteil Cedex, France (GRID:grid.412116.1) (ISNI:0000 0004 1799 3934); Université Paris-Est-Créteil (UPEC), Groupe de Recherche Clinique CARMAS, Créteil, France (GRID:grid.410511.0) (ISNI:0000 0001 2149 7878) 
 Hôpitaux Universitaires Henri Mondor, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP), DMU Medecine, Créteil, France (GRID:grid.412116.1) (ISNI:0000 0004 1799 3934) 
 Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Médecine Intensive Réanimation, Hôpital Tenon, Paris, France (GRID:grid.50550.35) (ISNI:0000 0001 2175 4109) 
 Sorbonne Université, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Médecine Intensive Réanimation, and INSERM UMRS_1166-iCAN, Institute of Cardiometabolism and Nutrition, Paris, France (GRID:grid.411439.a) (ISNI:0000 0001 2150 9058) 
 Sorbonne Université, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Hôpital Saint-Antoine, Médecine Intensive Réanimation, Paris Cedex 12, France (GRID:grid.462844.8) (ISNI:0000 0001 2308 1657) 
 Sorbonne Université, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Médecine Intensive Réanimation, Paris, France (GRID:grid.411439.a) (ISNI:0000 0001 2150 9058) 
 Université Paris-Est-Créteil (UPEC), Créteil, France (GRID:grid.410511.0) (ISNI:0000 0001 2149 7878); Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Hôpital de Bicêtre, DMU 4 CORREVE Maladies du Cœur et des Vaisseaux, FHU Sepsis, Service de Médecine Intensive-Réanimation, Le Kremlin-Bicêtre, France (GRID:grid.413784.d) (ISNI:0000 0001 2181 7253); Université Paris-Saclay, UVSQ, Univ. Paris-Sud, Inserm U1018, Equipe d’Epidémiologie Respiratoire Intégrative, CESP, Villejuif, France (GRID:grid.463845.8) (ISNI:0000 0004 0638 6872) 
 Université de Paris, APHP, Hôpital Louis Mourier, DMU ESPRIT, Service de Médecine Intensive Réanimation, Colombes, France (GRID:grid.414205.6) (ISNI:0000 0001 0273 556X); INSERM U1151, CNRS UMR 8253, Institut Necker-Enfants Malades (INEM), Department of Immunology, Infectiology and Hematology, Paris, France (GRID:grid.465541.7) (ISNI:0000 0004 7870 0410) 
10  Hôpitaux Universitaires Henri Mondor, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Département d’Anesthésie Réanimations Chirurgicales, Créteil, France (GRID:grid.412116.1) (ISNI:0000 0004 1799 3934) 
11  Hôpital Cochin, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Médecine Intensive Réanimation, Paris, France (GRID:grid.411784.f) (ISNI:0000 0001 0274 3893) 
12  Hôpital Avicenne, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Service de Réanimation, Bobigny, France (GRID:grid.413780.9) (ISNI:0000 0000 8715 2621) 
13  Hôpital Saint-Louis, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Médecine Intensive Réanimation, Paris, France (GRID:grid.413328.f) (ISNI:0000 0001 2300 6614) 
14  Université Paris-Est-Créteil (UPEC), Créteil, France (GRID:grid.410511.0) (ISNI:0000 0001 2149 7878); Hôpitaux Universitaires Henri Mondor, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Department of Virology, Créteil, France (GRID:grid.412116.1) (ISNI:0000 0004 1799 3934); INSERM U955, Team «Viruses, Hepatology, Cancer», Créteil, France (GRID:grid.462410.5) (ISNI:0000 0004 0386 3258) 
Pages
6658
Publication year
2023
Publication date
2023
Publisher
Nature Publishing Group
e-ISSN
20452322
Source type
Scholarly Journal
Language of publication
English
ProQuest document ID
2805294113
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