Abstract

Background

During the first COVID-19 pandemic wave, COVID-19-associated pulmonary aspergillosis (CAPA) has been reported in up to 11–28% of critically ill COVID-19 patients and associated with increased mortality. As new SARS-CoV-2 variants emerged, the characteristics of critically ill COVID-19 patients have evolved, particularly in the era of Omicron. The purpose of this study is to investigate the characteristics of CAPA in the era of new variants.

Methods

This is a prospective multicenter observational cohort study conducted in France in 36 participating intensive care units (ICU), between December 7th, 2021 and April 26th 2023. Diagnosis criteria of CAPA relied on European Confederation of Medical Mycology (ECMM)/International Society for Human & Animal Mycology (ISHAM) consensus criteria.

Results

566 patients were included over the study period. The prevalence of CAPA was 5.1% [95% CI 3.4–7.3], and rose to 9.1% among patients who required invasive mechanical ventilation (IMV). Univariable analysis showed that CAPA patients were more frequently immunosuppressed and required more frequently IMV support, vasopressors and renal replacement therapy during ICU stay than non-CAPA patients. SAPS II score at ICU admission, immunosuppression, and a SARS-CoV-2 Delta variant were independently associated with CAPA in multivariable logistic regression analysis. Although CAPA was not significantly associated with day-28 mortality, patients with CAPA experienced a longer duration of mechanical ventilation and ICU stay.

Conclusion

This study contributes valuable insights into the prevalence, characteristics, and outcomes of CAPA in the era of Delta and Omicron variants. We report a lower prevalence of CAPA (5.1%) among critically-ill COVID-19 patients than previously reported, mainly affecting intubated-patients. Duration of mechanical ventilation and ICU stay were significantly longer in CAPA patients.

Details

Title
COVID-19 associated pulmonary aspergillosis in critically-ill patients: a prospective multicenter study in the era of Delta and Omicron variants
Author
Bay, Pierre 1   VIAFID ORCID Logo  ; Audureau, Etienne 2 ; Préau, Sébastien 3 ; Favory, Raphaël 3 ; Guigon, Aurélie 4 ; Heming, Nicholas 5 ; Gault, Elyanne 6 ; Pham, Tài 7 ; Chaghouri, Amal 8 ; Turpin, Matthieu 9 ; Morand-Joubert, Laurence 10 ; Jochmans, Sébastien 11 ; Pitsch, Aurélia 12 ; Meireles, Sylvie 13 ; Contou, Damien 14 ; Henry, Amandine 15 ; Joseph, Adrien 16 ; Chaix, Marie-Laure 17 ; Uhel, Fabrice 18 ; Roux, Damien 18 ; Descamps, Diane 19 ; Emery, Malo 20 ; Garcia-Sanchez, Claudio 21 ; Levy, David 22 ; Burrel, Sonia 23 ; Mayaux, Julien 24 ; Kimmoun, Antoine 25 ; Hartard, Cédric 26 ; Pène, Frédéric 27 ; Rozenberg, Flore 28 ; Gaudry, Stéphane 29 ; Brichler, Ségolène 30 ; Guillon, Antoine 31 ; Handala, Lynda 32 ; Tamion, Fabienne 33 ; Moisan, Alice 34 ; Daix, Thomas 35 ; Hantz, Sébastien 36 ; Delamaire, Flora 37 ; Thibault, Vincent 38 ; Souweine, Bertrand 39 ; Henquell, Cecile 40 ; Picard, Lucile 41 ; Botterel, Françoise 42 ; Rodriguez, Christophe 43 ; Dessap, Armand Mekontso 44 ; Pawlotsky, Jean-Michel 43 ; Fourati, Slim 43 ; de Prost, Nicolas 44 ; Razazi, Keyvan; Bellaïche, Raphaël; Azoulay, Elie; Timsit, Jean-François; Voiriot, Guillaume; de Montmollin, Nina; Marot, Stéphane; Gasperment, Maxime; Urbina, Tomas; Oufella, Hafid Ait; Fofana, Eric Maury Djeneba Bocar; Luyt, Charles-Edouard; Annane, Djillali; Meziani, Ferhat; Jandeaux, Louis-Marie; Fafi-Kremer, Samira; Darreau, Cédric; Thomin, Jean; Dartevel, Anaïs; Larrat, Sylvie; Schvoerer, Evelyne; La Combe, Béatrice; Haouisee, Séverine; Hraeich, Sami; Fournier, Pierre-Edouard; Colson, Philippe; Canet, Emmanuel; Imbert, Berthe Marie; Thiery, Guillaume; Pillet, Sylvie; Coudroy, Rémy; Leveque, Nicolas; Saccheri, Clément; Giordanengo, Valérie; Klouche, Kada; Tuaillon, Edouard; Aubron, Cécile; Tran, Adissa; Tadié, Jean-Marc; Plantier, Jean-Christophe; Vallet, Sophie

1  Hôpitaux Universitaires Henri Mondor, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP), CHU Henri Mondor, Médecine Intensive Réanimation, Créteil, France (GRID:grid.412116.1) (ISNI:0000 0004 1799 3934); Université Paris-Est-Créteil (UPEC), Groupe de Recherche Clinique CARMAS, Créteil, France (GRID:grid.410511.0) (ISNI:0000 0004 9512 4013); Université Paris-Est-Créteil (UPEC), Créteil, France (GRID:grid.410511.0) (ISNI:0000 0004 9512 4013); Team “Viruses, Hepatology, Cancer”, IMRB INSERM U955, Créteil, France (GRID:grid.462410.5) (ISNI:0000 0004 0386 3258) 
2  Université Paris-Est-Créteil (UPEC), Créteil, France (GRID:grid.410511.0) (ISNI:0000 0004 9512 4013); Team CEpiA, IMRB INSERM U955, Créteil, France (GRID:grid.462410.5) (ISNI:0000 0004 0386 3258); Hôpitaux Universitaires Henri Mondor, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP), Unité de Recherche Clinique, Department of Public Health, Créteil, France (GRID:grid.412116.1) (ISNI:0000 0004 1799 3934) 
3  University Lille, Inserm, CHU Lille, Institut Pasteur de Lille, U1167-RID-AGE Facteurs de Risque et Déterminants Moléculaires des Maladies Liées au Vieillissement, Lille, France (GRID:grid.523099.4) (ISNI:0000 0005 1237 6862) 
4  CHU de Lille, Service de Virologie, Lille, France (GRID:grid.410463.4) (ISNI:0000 0004 0471 8845) 
5  Hôpital Raymond Poincaré, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP), Médecine Intensive Réanimation, Garches, France (GRID:grid.414291.b) 
6  Hôpital Ambroise Paré, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP), Laboratoire de Virologie, Boulogne, France (GRID:grid.413756.2) (ISNI:0000 0000 9982 5352) 
7  Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Hôpital de Bicêtre, DMU 4 CORREVE Maladies du Cœur et des Vaisseaux, FHU Sepsis, Service de Médecine Intensive-Réanimation, Le Kremlin-Bicêtre, France (GRID:grid.50550.35) (ISNI:0000 0001 2175 4109); Equipe d’Epidémiologie Respiratoire Intégrative, CESP, Inserm U1018, Villejuif, France (GRID:grid.463845.8) (ISNI:0000 0004 0638 6872); Université Paris-Est-Créteil (UPEC), Groupe de Recherche Clinique CARMAS, Créteil, France (GRID:grid.410511.0) (ISNI:0000 0004 9512 4013) 
8  Hôpital Paul Brousse, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Laboratoire de Virologie, Villejuif, France (GRID:grid.413133.7) (ISNI:0000 0001 0206 8146) 
9  Hôpital Tenon, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Sorbonne Université, Centre de Recherche Saint-Antoine INSERM, Médecine Intensive Réanimation, Paris, France (GRID:grid.413133.7) 
10  Institut Pierre Louis d’Epidémiologie et de Santé Publique, Sorbonne Université, INSERM, Paris, France (GRID:grid.503257.6) (ISNI:0000 0000 9776 8518); Hôpital Saint-Antoine, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Laboratoire de Virologie, Paris, France (GRID:grid.412370.3) (ISNI:0000 0004 1937 1100) 
11  Hôpital Marc Jacquet, Service de Réanimation Polyvalente, Melun, France (GRID:grid.412370.3) 
12  Hôpital Marc Jacquet, Laboratoire de Microbiologie, Melun, France (GRID:grid.412370.3) 
13  Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Hôpital Ambroise Paré, Service de Réanimation Médico-Chirurgicale, Boulogne, France (GRID:grid.413756.2) (ISNI:0000 0000 9982 5352) 
14  Hôpital Victor Dupouy, Service de Réanimation, Argenteuil, France (GRID:grid.414474.6) (ISNI:0000 0004 0639 3263) 
15  Hôpital Victor Dupouy, Service de Virologie, Argenteuil, France (GRID:grid.414474.6) (ISNI:0000 0004 0639 3263) 
16  Hôpital Saint-Louis, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Médecine Intensive Réanimation, Paris, France (GRID:grid.413328.f) (ISNI:0000 0001 2300 6614) 
17  Université Paris Cité, Inserm HIPI, Paris, France (GRID:grid.508487.6) (ISNI:0000 0004 7885 7602); Hôpital Saint-Louis, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Laboratoire de Virologie, Paris, France (GRID:grid.413328.f) (ISNI:0000 0001 2300 6614) 
18  Université Paris Cité, APHP, Hôpital Louis Mourier, DMU ESPRIT, Service de Médecine Intensive Réanimation, Colombes, France (GRID:grid.414205.6) (ISNI:0000 0001 0273 556X); Institut Necker-Enfants Malades (INEM), INSERM U1151, CNRS UMR 8253, Department of Immunology, Infectiology and Hematology, Paris, France (GRID:grid.465541.7) (ISNI:0000 0004 7870 0410) 
19  Hôpital Bichat-Claude Bernard, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Université Paris Cité, IAME INSERM UMR 1137, Service de Virologie, Paris, France (GRID:grid.465541.7) 
20  Hôpital Saint-Camille, Service de Réanimation, Bry-Sur-Marne, France (GRID:grid.511882.7) (ISNI:0000 0000 9390 6979) 
21  Hôpital Saint-Camille, Laboratoire de Biologie, Bry-Sur-Marne, France (GRID:grid.511882.7) (ISNI:0000 0000 9390 6979) 
22  Sorbonne Université, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Réanimation Médicale, Paris, France (GRID:grid.462844.8) (ISNI:0000 0001 2308 1657) 
23  Université de Bordeaux, Service de Virologie, CHU de Bordeaux et CNRS UMR 5234, Fundamental Microbiology and Pathogenicity, Bordeaux, France (GRID:grid.412041.2) (ISNI:0000 0001 2106 639X); Hôpital Pitié-Salpêtrière, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP), Département de Virologie, Paris, France (GRID:grid.411439.a) (ISNI:0000 0001 2150 9058) 
24  Sorbonne Université, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Médecine Intensive Réanimation, Paris, France (GRID:grid.462844.8) (ISNI:0000 0001 2308 1657) 
25  Université de Lorraine, CHRU de Nancy, Médecine Intensive et Réanimation Brabois, Vandœuvre-Lès-Nancy, France (GRID:grid.29172.3f) (ISNI:0000 0001 2194 6418); INSERM U942 and U1116, F-CRIN-INIC RCT, Vandœuvre-Lès-Nancy, France (GRID:grid.29172.3f) 
26  CHRU de Nancy, Service de Virologie, Vandœuvre-Lès-Nancy, France (GRID:grid.410527.5) (ISNI:0000 0004 1765 1301) 
27  Hôpital Cochin, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Médecine Intensive Réanimation, Paris, France (GRID:grid.411784.f) (ISNI:0000 0001 0274 3893) 
28  Hôpital Cochin, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Laboratoire de Virologie, Paris, France (GRID:grid.411784.f) (ISNI:0000 0001 0274 3893) 
29  Hôpital Avicenne, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Service de Réanimation, Bobigny, France (GRID:grid.413780.9) (ISNI:0000 0000 8715 2621) 
30  Hôpital Avicenne, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Laboratoire de Virologie, Bobigny, France (GRID:grid.413780.9) (ISNI:0000 0000 8715 2621) 
31  University of Tours, Intensive Care Unit, Tours University Hospital, Research Center for Respiratory Diseases (CEPR), INSERM U1100, Tours, France (GRID:grid.12366.30) (ISNI:0000 0001 2182 6141) 
32  Université de Tours, INSERM U1259, Tours, France (GRID:grid.12366.30) (ISNI:0000 0001 2182 6141); CHRU de Tours, National Reference Center for HIV-Associated Laboratory, Tours, France (GRID:grid.411167.4) (ISNI:0000 0004 1765 1600) 
33  CHU De Rouen, Service de Médecine Intensive-Réanimation, Rouen, France (GRID:grid.41724.34) (ISNI:0000 0001 2296 5231) 
34  Univ Rouen Normandie, Université de Caen Normandie, INSERM, Normandie Univ, DYNAMICURE UMR 1311, CHU Rouen, Department of Virology, Rouen, France (GRID:grid.412043.0) (ISNI:0000 0001 2186 4076) 
35  CHU Limoges, Réanimation Polyvalente, INSERM CIC 1435 and UMR 1092, Limoges, France (GRID:grid.411178.a) (ISNI:0000 0001 1486 4131) 
36  CHU Limoges, French National Reference Center for Herpesviruses, Bacteriology, Virology, Hygiene Department, Limoges, France (GRID:grid.411178.a) (ISNI:0000 0001 1486 4131); INSERM, RESINFIT, U1092, 87000, Limoges, France (GRID:grid.7429.8) (ISNI:0000 0001 2186 6389) 
37  CHU Rennes, Maladies Infectieuses et Réanimation Médicale, Rennes, France (GRID:grid.411154.4) (ISNI:0000 0001 2175 0984) 
38  CHU Rennes, Laboratoire de Virologie, Rennes, France (GRID:grid.411154.4) (ISNI:0000 0001 2175 0984); Univ Rennes, Inserm, EHESP, Irset (Institut de Recherche en Santé, Environnement et Travail) UMR_S 1085, Rennes, France (GRID:grid.410368.8) (ISNI:0000 0001 2191 9284) 
39  CHU Clermont-Ferrand, Service de Médecine Intensive et Réanimation, Clermont-Ferrand, France (GRID:grid.411163.0) (ISNI:0000 0004 0639 4151) 
40  CHU Clermont-Ferrand, 3IHP, Service de Virologie, Clermont-Ferrand, France (GRID:grid.411163.0) (ISNI:0000 0004 0639 4151) 
41  Hôpitaux Universitaires Henri Mondor, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP), Département d’Anesthésie Réanimations Chirurgicales, Créteil, France (GRID:grid.412116.1) (ISNI:0000 0004 1799 3934) 
42  Université Paris-Est-Créteil (UPEC), Créteil, France (GRID:grid.410511.0) (ISNI:0000 0004 9512 4013); Hôpitaux Universitaires Henri Mondor, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Department of Virology, Créteil, France (GRID:grid.412116.1) (ISNI:0000 0004 1799 3934) 
43  Université Paris-Est-Créteil (UPEC), Créteil, France (GRID:grid.410511.0) (ISNI:0000 0004 9512 4013); Team “Viruses, Hepatology, Cancer”, IMRB INSERM U955, Créteil, France (GRID:grid.462410.5) (ISNI:0000 0004 0386 3258); Hôpitaux Universitaires Henri Mondor, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, Department of Virology, Créteil, France (GRID:grid.412116.1) (ISNI:0000 0004 1799 3934) 
44  Hôpitaux Universitaires Henri Mondor, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP), CHU Henri Mondor, Médecine Intensive Réanimation, Créteil, France (GRID:grid.412116.1) (ISNI:0000 0004 1799 3934); Université Paris-Est-Créteil (UPEC), Groupe de Recherche Clinique CARMAS, Créteil, France (GRID:grid.410511.0) (ISNI:0000 0004 9512 4013); Université Paris-Est-Créteil (UPEC), Créteil, France (GRID:grid.410511.0) (ISNI:0000 0004 9512 4013) 
Pages
65
Publication year
2024
Publication date
Dec 2024
Publisher
Springer Nature B.V.
e-ISSN
21105820
Source type
Scholarly Journal
Language of publication
English
DOI
https://doi.org/10.1186/s13613-024-01296-0
ProQuest document ID
3046721641
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© The Author(s) 2024. corrected publication 2024. This work is published under http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ (the “License”). Notwithstanding the ProQuest Terms and Conditions, you may use this content in accordance with the terms of the License.